Zespół Genomiki Obliczeniowej
Zainteresowania badawcze naszej grupy koncentrują się na wykorzystaniu wysokowydajnych technologii sekwencjonowania pojedynczych komórek w celu zrozumienia heterogeniczności komórkowej zdrowych i chorych złożonych tkanek, ze szczególnym uwzględnieniem oka. Zachęcamy wysoce zmotywowane osoby do skontaktowania się z nami w sprawie możliwości współpracy naukowej.
Opis tematyki badawczej
By uzyskać wiedzę na temat złożoności systemów i procesów biologicznych, konieczne jest zmierzenie i opis interesujących nas cech w pojedynczych komórkach. Transkryptomika i epigenomika pojedynczych komórek pozwalają badaczom odkrywać rzadkie typy komórek, ujawniać różnorodność populacji komórek, wnioskować o trajektoriach rozwojowych linii komórkowych i odkrywać ich mechanizmy regulacyjne. Ostatnie postępy w opracowywaniu wysokowydajnych metod pojedynczych komórek pozwalają naukowcom badać typy komórek i stany ogromnej liczby komórek (1 milion i więcej).
Kontakt:
Tel: +48 609 877 462
Lider: Marcin Tabaka, mtabaka@ichf.edu.pl
Koordynatorka: Lidia Wolińska-Nizioł, lwolinska-niziol@ichf.edu.pl
Kierownik Zespołu
Menedżerka Labu i Koordynatorka
Postdoktoranci
Doktoranci
Specjaliści naukowo-techniczni
Studenci
Publikacje
-
NAR Genomics and Bioinformatics
Ocelli: an open-source tool for the analysis and visualization of developmental multimodal single-cell data
10.1093/nargab/lqaf0402025
-
The Journal of Biological Chemistry
Conditional deletion of miR-204 and miR-211 in murine retinal pigment epithelium results in retinal degeneration
10.1016/j.jbc.2024.1073442024
-
The Journal of Biological Chemistry
Restoring retinal polyunsaturated fatty acid balance and retina function by targeting ceramide in AdipoR1-deficient mice
DOI: 10.1016/j.jbc.2024.1072912024
-
bioRxiv
Ocelli: a new comprehensive method for multimodal single-cell data analysis
10.1101/2023.10.05.5610742023
-
Nature Communications
spinDrop: a droplet microfluidic platform to maximise single-cell sequencing information content
10.1038/s41467-023-40322-w2023
-
Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS)
Stress resilience-enhancing drugs preserve tissue structure and function in degenerating retina via phosphodiesterase inhibition
DOI: 10.1073/pnas.22210451202023