Marcin Tabaka, dr
Magisterium na Uniwersytecie Jagiellońskim, Doktorat w Instytucie Chemii Fizycznej (PAN)
Lider Grupy CGG
Ekspresja genów, wysokoprzepustwa genomika pojedynczej komórki, reprogramowanie komórkowe, immunologia, patogeneza raka
Biogram
Dr Marcin Tabaka ukończył studia magisterskie na Wydziale Chemii Uniwersytetu Jagiellońskiego w 2004 r. Stopień doktora uzyskał w 2009 roku w Instytucie Chemii Fizycznej, PAN, gdzie w latach 2010-2014 odbywał pierwszy staż podoktorski. W ramach drugiego stażu (2014-2019) pracował w kierowanym przez prof. Aviv Regev Klarman Cell Observatory w prestiżowym ośrodku Broad Institute of MIT and Harvard (Cambridge, Stany Zjednoczone).
Karierę kierownika zespołu badawczego rozpoczął w ICTER we wrześniu 2020. Dr. Marcin Tabaka jest współautorem 27 artykułów naukowych opublikowanych w wysoko notowanych czasopismach takich jak Nature, Cell, czy PNAS (Google Scholar).
Naukowe zainteresowania dr. Tabaki obejmują różnorodne obszary badawcze, w których wykorzystywana jest technologia wysokoprzepustowej genomiki na poziomie pojedynczych komórek. Badania, w jakich dotychczas był zaangażowany dotyczyły między innymi reprogramowania komórkowego, immunologii i raka.
Projekty:
OPUS 21 2021/41/B/NZ7/03786,
Science for the Society NdS-II/SP/0195/2023/01,
OPUS 25 2023/49/B/NZ9/01925,
MAB II (FENG.02.01IP.05-T005/23).
Publikacje
- „Ocelli: an open-source tool for the analysis and visualization of developmental multimodal single-cell data”. Piotr Rutkowski, Marcin Tabaka (2025). NAR Genomics and Bioinformatics 10.1093/nargab/lqaf040 (opens in new tab)
- „A combination treatment based on drug repurposing demonstrates mutation-agnostic efficacy in pre-clinical retinopathy models”. Leinonen H, Zhang J, Occelli LM, Seemab U, Choi EH, L P Marinho LF, Querubin J, Kolesnikov AV, Galinska A, Kordecka K, Hoang T, Lewandowski D, Lee TT, Einstein EE, Einstein DE, Dong Z, Kiser PD, Blackshaw S, Kefalov VJ, Tabaka M, Foik A, Petersen-Jones SM, Palczewski K. (2024). Nature Communications https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/39009597 (opens in new tab)
- „Conditional deletion of miR-204 and miR-211 in murine retinal pigment epithelium results in retinal degeneration”. Samuel W Du, Ravikiran Komirisetty, Dominik Lewandowski, Elliot H Choi, Damian Panas, Susie Suh, Marcin Tabaka, Roxana A Radu, Krzysztof Palczewski (2024). The Journal of Biological Chemistry 10.1016/j.jbc.2024.107344 (opens in new tab)
- „Restoring retinal polyunsaturated fatty acid balance and retina function by targeting ceramide in AdipoR1-deficient mice”. Lewandowski D, Gao F, Imanishi S, Tworak A, Bassetto M, Dong Z, Pinto AFM, Tabaka M, Kiser PD, Imanishi Y, Skowronska-Krawczyk D, Palczewski K. (2024). The Journal of Biological Chemistry 10.1016/j.jbc.2024.107291 (opens in new tab)
- „Distinct mouse models of Stargardt disease display differences in pharmacological targeting of ceramides and inflammatory responses,”. Zachary J. Engfer, Dominik Lewandowski, Zhiqian Dong, Grazyna Palczewska, Jianye Zhang, Katarzyna Kordecka, Jagoda Płaczkiewicz, Damian Panas, Andrzej T. Foik, Marcin Tabaka, Krzysztof Palczewski, (2023). Proceedings of the National Academy of Sciences 10.1073/pnas.2314698120 (opens in new tab)
- „Ocelli: a new comprehensive method for multimodal single-cell data analysis”. Piotr Rutkowski, Marcin Tabaka (2023). bioRxiv 10.1101/2023.10.05.561074 (opens in new tab)
- „spinDrop: a droplet microfluidic platform to maximise single-cell sequencing information content”. Joachim De Jonghe, Tomasz S Kaminski, David B Morse, Marcin Tabaka, Anna L Ellermann, Timo N Kohler, Gianluca Amadei, Charlotte E Handford, Gregory M Findlay, Magdalena Zernicka-Goetz, Sarah A Teichmann, Florian Hollfelder (2023). Nature Communications 10.1038/s41467-023-40322-w (opens in new tab)
- „Stress resilience-enhancing drugs preserve tissue structure and function in degenerating retina via phosphodiesterase inhibition”. Jennings C Luu, Aicha Saadane, Henri Leinonen, Elliot H Choi, Fangyuan Gao, Dominik Lewandowski, Maximilian Halabi , Christopher L Sander, Arum Wu, Jacob M Wang, Rupesh Singh, Songqi Gao, Emma M Lessieur, Zhiqian Dong, Grazyna Palczewska, Robert F Mullins, Neal S Peachey , Philip D Kiser, Marcin Tabaka, Timothy S Kern, Krzysztof Palczewski (2023). Proceedings of the National Academy of Sciences 10.1073/pnas.2221045120 (opens in new tab)
- „Inhibition of ceramide accumulation in AdipoR1–/– mice increases photoreceptor survival and improves vision”. Dominik Lewandowski, Andrzej T. Foik, Roman Smidak, Elliot H. Choi, Jianye Zhang, Thanh Hoang, Aleksander Tworak, Susie Suh, Henri Leinonen, Zhiqian Dong, Antonio F.M. Pinto, Emily Tom, Jennings Luu, Joan Lee, Xiuli Ma, Erhard Bieberich, Seth Blackshaw, Alan Saghatelian, David C. Lyon, Dorota Skowronska-Krawczyk, Marcin Tabaka, and Krzysztof Palczewski (2022). JCI Insight 10.1172/jci.insight.156301 (opens in new tab)
Badania i aktualności
Grupy badawcze
Badania prowadzone przez ZGO skupiają się na łączeniu podejść statystyki, fizyki statystycznej, matematyki i informatyki w rozwijaniu nowych metod obliczeniowych.
DOWIEDZ SIĘ WIĘCEJ 
