Zespół Genomiki Obliczeniowej

Principal Investigator: dr Marcin Tabaka

Dla zgłębienia złożonych procesów komórkowych oraz całych układów biologicznych, kluczowym jest mierzenie ich własności na poziomie pojedynczych komórek. Badanie transkrypcji oraz modyfikacji epigenetycznych w indywidualnych komórkach pozwala badaczom odkrywać różnorodność populacji komórek, rekonstruować ich różnicowanie się w procesach rozwoju organizmów i charakteryzować geny regulatorowe wpływające na te procesy. Intensywny rozwój wysokoprzepustowych metod sekwencjonowania pojedynczych komórek pozwala badaczom na scharakteryzowanie nowych i rzadkich typów komórek oraz określenie ich stanów nawet w wielomilionowych populacjach.

Zespół Genomiki Obliczeniowej (CGG) został utworzony we wrześniu 2020 r., aby wdrażać najnowsze metody multi-omiczne pojedynczych komórek dla zrozumienia rozwoju chorób oczu. Badania prowadzone przez ZGO skupiają się na łączeniu podejść statystyki, fizyki statystycznej, matematyki i informatyki w rozwijaniu nowych metod obliczeniowych. Mają one umożliwić procesowanie ogromnych ilości złożonych informacji, pozyskanych z “omicznych” analiz pojedynczych komórek, w celu rozwikłania zagadek badanych procesów biologicznych. Projekty obliczeniowe realizowane w naszej grupie dotyczą rozwoju nowych algorytmów i skalowalnych narzędzi wykorzystywanych w analizie dużych zbiorów danych pochodzących z sekwencjonowania pojedynczych komórek.

W szczególności jesteśmy zainteresowani tworzeniem nowych podejść w całościowym odtwarzaniu ścieżek rozwojowych i atlasów komórkowych, zrozumienia komunikacji pomiędzy komórkami oraz ścieżek biologicznych wpływających bezpośrednio na zmiany pomiędzy stanami komórek w procesach rozwojowych i chorobowych. Zajmujemy się także tworzeniem nowych metod wizualizacji danych wielowymiarowych i multimodalnych do obrazowania topografii atlasów komórkowych.

Kontakt
Telefon: +48 609 877 462
Lider: mtabaka@ichf.edu.pl
Koordynator: mbanach-orlowska@ichf.edu.pl

Publikacje

brak publikacji