Kategoria: Kadra naukowa

Prof. dr hab. Maciej Wojtkowski

Tytuł naukowy:

Profesor fizyki (2003), doktor habilitowany nauk fizycznych (2010) na Wydziale Fizyki i Astronomii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, Polska

Stanowisko:

Dyrektor ICTER i Lider Grupy POB

Obszary badawcze:

Biomedical Imaging

Prof. dr hab. Maciej Wojtkowski (ur. 1975) jest fizykiem specjalizującym się w optyce stosowanej oraz fizyce medycznej i doświadczalnej. Swoją karierę naukową rozpoczął na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu. Tam obronił pracę magisterską, a następnie pracę doktorską i habilitacyjną. Wszystkie stopnie naukowe zostały nadane przez Instytut Fizyki, Wydział Fizyki, Astronomii i Informatyki Stosowanej).

W latach 1998-1999 był zatrudniony jako pracownik naukowy na Uniwersytecie Wiedeńskim, Austria, a w latach 2003-2005 w Massachusetts Institute of Technology w Cambridge i Tufts New England Eye Center, Boston, USA.

Prof. Wojtkowski jest wynalazcą pierwszego prototypowego urządzenia klinicznego do obrazowania oka przy użyciu techniki SdOCT, zbudowanego w Massachusetts Institute of Technology i przetestowanego w New England Eye Center w Bostonie, USA, oraz drugiego zbudowanego na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu i przetestowanego w Klinice Okulistyki im. Jurasza w Bydgoszczy.[1][2][3] To urządzenie jest wykorzystywane do nieinwazyjnych i bezkontaktowych badań oczu w klinikach na całym świecie w celu monitorowania początku, postępu i terapii chorób oczu.

Od 2016 roku Prof. Wojtkowski kieruje Zakładem Chemii Fizycznej Układów Biologicznych, a od 2019 roku Międzynarodowym Centrum Badań Translacyjnych Oka – podjednostki Instytutu Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk.

Jest autorem ponad 240 publikacji naukowych, a także kilku patentów i zgłoszeń patentowych. Jego prace były publikowane m.in. w następujących czasopismach: „Ophthalmology”, „Proceedings of the National Academy of Sciences”, „Nature Medicine”, „Optics Express”, „Journal of Biomedical Optics” oraz „Optics Letters”.

Jako pierwszy zaprojektował spektralny optyczny koherentny tomograf wykorzystywany do nieinwazyjnych, bezkontaktowych badań oczu. Wynalazek ten znalazł szerokie zastosowanie i jest wykorzystywany w klinikach na całym świecie.

W 2012 roku został uhonorowany nagrodą FNP w dziedzinie nauk matematyczno-fizycznych i inżynierii.

mgr inż. Bartłomiej Bałamut

Tytuł naukowy:

Master of Science in Biotechnology, Warsaw University of Technology, Poland

Stanowisko:

Doktorant

Obszary badawcze:

Biologia molekularna i genetyka

Opis

Doktorant, zaangażowany w projekcie Sonata Bis 9 (Andrzej Foik), jego głównym zadaniem są badania przy użyciu rejestracji elektrofizjologicznych in vitro. Zajmuje się również doświadczeniami z zakresu biologii molekularnej i genetyki.

dr Mehdi Borjkhani

Tytuł naukowy:

Inżynier biomedyczny, ukończył Uniwersytet w Teheranie, Iranie

Stanowisko:

Post-doc

Obszary badawcze:

Sieci Neuronalne

Opis

Jego praca doświadczalna polega na modelowaniu sieci neuronalnych złożonych z wielu różnych populacji neuronalnych i analizie danych.

dr Dawid Borycki

Tytuł naukowy:

Doktor nauk fizycznych, Uniwersytet Mikołaja Kopernika

Stanowisko:

post-doc

Obszary badawcze:

Optyka statystyczna i dyfuzyjna, rozwój oprogramowania, inżynieria biomedyczna

Dr inż. Dawid Borycki specjalizuje się w optyce biomedycznej, optyce statystycznej i inżynierii oprogramowania. Dawid ukończył z wyróżnieniem Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu (magisterium w 2007 r., doktorat w 2011 r.). W 2022 roku uzyskał stopień doktora habilitowanego w Instytucie Biocybernetyki i Inżynierii Biomedycznej Polskiej Akademii Nauk.

Jest współautorem ponad 25 artykułów naukowych opublikowanych w recenzowanych czasopismach, takich jak Optica, Scientific Reports, Biomedical Express, Optics Express i Optics Letters. Posiada również dwa patenty wydane przez amerykański urząd patentowy. Ponadto opublikował 11 książek i ponad 60 artykułów na temat programowania, technologii chmurowych i uczenia maszynowego.

Dawid ma ponad 14-letnie doświadczenie w badaniach i rozwoju. Specjalizuje się w dziedzinie inżynierii biomedycznej, w szczególności w obrazowaniu biomedycznym. Realizował projekty naukowe w różnych instytucjach naukowych (Uniwersytet Mikołaja Kopernika, Uniwersytet Kalifornijski w Davis, Polska Akademia Nauk). Ponadto pełnił funkcję konsultanta w różnych firmach komercyjnych: Canon, Optopol Technology, Optina Diagnostics.

Jego najwybitniejszym osiągnięciem naukowym jest stworzenie nowych metod optycznych wykorzystujących interferometrię światła. Pierwsza z nich, interferometryczna spektroskopia w bliskiej podczerwieni (iNIRS), służy do nieinwazyjnego wykrywania mózgu. Druga, tomografia optyczna STOC-T służy do ultraszybkiego obrazowania ludzkiej siatkówki w rozdzielczości komórkowej.

W ICTER Dawid opracował algorytmy obliczeniowe dla STOC-T.

dr Andrea Curatolo

Tytuł naukowy:

Doktor, The University of Western Australia.

Stanowisko:

Lider Grupy IDoc

Obszary badawcze:

obrazowanie biomedyczne

Lider Zespołu IDoc jest ekspertem w dziedzinie obrazowania biomedycznego, zwłaszcza w tomografii optycznej OCT i technikach pochodnych, których celem jest zwiększenie dokładności diagnostycznej i ukierunkowanie zabiegów operacyjnych. Takie podejście ma na celu poprawę wyników zdrowotnych, głównie w okulistyce i onkologii. Dr Curatolo uzyskał tytuł doktora w dziedzinie biofotoniki na Uniwersytecie Zachodniej Australii.

Jest autorem ponad 30 publikacji w recenzowanych czasopismach międzynarodowych znajdujących się w pierwszym kwartylu (Q1), w tym trzech rozdziałów w książkach specjalistycznych. Dr Curatolo jest również zaangażowany w badania nad wdrożeniami klinicznymi i komercjalizacjętechnologii biofotonicznych. Jest autorem kilku wniosków patentowych i współpracuje z firmami z branży medycznej (MedTech).

dr Michał Dąbrowski

Tytuł naukowy:

Doktorat z fizyki kwantowej (z wyróżnieniem) uzyskany na Uniwersytecie Warszawskim w 2019r.

Stanowisko:

Post-doc

Obszary badawcze:

optyka kwantowa, fizyka AMO (atomowa, molekularna i optyczna), rozpraszanie światła, obrazowanie optyczne, techniki kształtowania frontu falowego

Podczas studiów doktoranckich brałem udział w eksperymentach nad przechowywaniem stanów kwantowych w ośrodkach atomowych (tzw. pamięć kwantowa). Wykazałem, że możliwe jest przechowywanie i odzyskiwanie na żądanie wielu fotonów oraz zmiana własności powstałego w ten sposób stanu splątanego, przy użyciu przestrzennego modulatora światła (SLM).

Główną motywacją było stworzenie procesora operującego na fotonach, zdolnego do wykonywania określonych obliczeń dla bardziej złożonych układów kwantowych. Bazując na wcześniejszych doświadczeniach podjąłem staż podoktorski w Paryżu, w grupie zajmującej się badaniem ośrodków rozpraszających światło. W moim projekcie badawczym starałem się zbudować kwantowy symulator oparty na kształtowaniu czoła fali świetlnej, z wykorzystaniem procesu rozpraszania w światłowodach, mając z tyłu głowy zastosowanie poznanych metod do obrazowania biomedycznego.

Fascynujący świat rozpraszania światła zaprowadził mnie na drugie stanowisko podoktorskie w obecnej grupie, gdzie realizuję projekt dotyczący dwufotonowej fluorescencji ludzkiego oka w celu uniknięcia rozpraszania i absorpcji w oku pochodzącej ze wzbudzenia światłem widzialnym, co otwiera drogę do lepszego zrozumienia procesu widzenia.

dr Humberto Fernandes

Tytuł naukowy:

Doktorat w Instytucie Chemii Bioorganicznej Polskiej Akademia Nauk, Poznań, Polska

Stanowisko:

Lider Grupy ISB

Obszary badawcze:

Mechanizmy warunkujące funkcjonowanie komórek w warunkach zdrowia i choroby na poziomie atomowym i molekularnym

Dr Humberto Fernandes ukończył studia doktoranckie w Instytucie Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu w Pracowni Mariusza Jaskólskiego, gdzie szkolił się w zakresie krystalografii rentgenowskiej. Następnie podjął pracę podoktorancką u Amira Khana (Trinity College Dublin, Irlandia), a potem u Stephena Curry’ego (Imperial College London, Wielka Brytania), rozszerzając i integrując krystalografię z innymi technikami strukturalnymi i biofizycznymi. Po powrocie do Polski jako pół-niezależny badacz w laboratorium Matthiasa Bochtlera (Instytut Biochemii i Biofizyki PAN w Warszawie, Polska), kontynuował wykorzystanie biologii strukturalnej i rozwinął projekt oparty na sekwencjonowaniu DNA. Kierował dwoma grantami naukowymi jako kierownik grantu, był promotorem dwóch prac magisterskich i opublikował osiemnaście recenzowanych prac (zbierających łącznie ponad 700 cytowań). We wrześniu 2020 roku rozpoczął karierę jako lider grupy w ICTER. Jego zainteresowania naukowe koncentrują się na zrozumieniu mechanizmów, które kontrolują funkcjonowanie zdrowych i chorych komórek na poziomie atomowym i molekularnym.

Inicjatywy naukowo-badawcze dr Humberto Fernandes:

1. 04/2023: Project coordinator of the iNEXT-discovery project “Structural elucidation of retinol binding protein 3 (RBP3) with different retinoids” (PID: 25721) supported by iNEXT-Discovery, project number 871037, funded by the Horizon 2020 program of the European Commission.

2. 04/2023: Project coordinator of the iNEXT-discovery project “Structural characterization by X-ray crystallography of mammalian RBP3” (PID: 25420) supported by iNEXTDiscovery, project number 871037, funded by the Horizon 2020 program of the European Commission.

3. 02/2023: Award of the Minister of Education and Science for significant achievements in scientific activities for the team of Prof. Prof. Matthias Bochtler.

4. 01/2023: Project coordinator for cryo-EM beamline access project “Structural studies of Retinol-binding protein 3” (Proposal 222017) under the provision of the Polish Ministry of Education and Science project: ‘‘Support for research and development with the use of research infrastructure of the National Synchrotron Radiation Centre SOLARIS’’ under contract no. 1/SOL/2021/2.

5. 10/2022: Project coordinator of the iNEXT-discovery project “Structural studies of Retinol-binding protein 3” (PID: 23732) supported by iNEXT-Discovery, project number 871037, funded by the Horizon 2020 program of the European Commission.

6. 09/2022: Project coordinator of the iNEXT-discovery project “A protein structural biology approach to understanding morphological changes in photoreceptor outer segment after light activation: a closer look at PDE6” (PID: 22852) supported by iNEXTDiscovery, project number 871037, funded by the Horizon 2020 program of the European Commission.

7. 03/2022: Project coordinator of the iNEXT-discovery project “Retinol-binding protein 3 (RBP3): ligand binding, cooperativity, and conformational changes” (PID: 17551) supported by iNEXT-Discovery, project number 871037, funded by the Horizon 2020 program of the European Commission.

8. 02/2016 to 01/2020: Project manager and Principal investigator of the OPUS9 project “Non-catalytic domains of the RNA-guided DNA methyltransferase DRM2” from the National Science Centre Poland (NCN) (grant agreement 2015/17/B/NZ1/00861) (Budget 907200.0 PLN)

9. 10/2013 to 12/2015: Project manager and Principal investigator of the HOMING PLUS project “Plant-specific methyltransferase DNA structures” from Foundation for Polish Science (FNP) (grant agreement HOMING PLUS/2013-7/5) (Budget 327800.0 PLN)

10. 03/2015: Project coordinator of the BioStruct-X project “Non-catalytic domains of the RNA-guide DNA metyltransferase DRM2” (No. 9586) from the European Community’s Seventh Framework Programme (FP7/2007-2013) under BioStruct-X (grant agreement N°283570)

11. 11/2007 to 11/2009: Principal researcher in the research project “Structural and biochemical studies of plant PR-10 proteins from different sources” (No. N N204 2584 33) sponsored by the Ministry of Science and Higher Education (Budget 40000.0 PLN)

12. 08/2007: RCSB PDB Poster prize awarded at 24th European Crystallographic Meeting ECM24

13. 12/2004 to 11/2007: Marie Curie Host Fellowship for Early Research Training of the EU

14. 11/2003 to 10/2004: Initiation to investigation scholarship from the project POCTI/BME/47604/2002, on the Fundação para a Ciência e Tecnologia program: “Structural studies on the proteasome maturation factor (Ump1p) and its complex with proteasome precursors”

15. 03/2002 to 08/2002: Initiation to investigation scholarship from the project POCTI/32621/BME/2000, on the Fundação para a Ciência e Tecnologia program: “The 20S and 26S proteasome assembly pathway in Saccharomyces cerevisiae”.

dr Andrzej Foik

Tytuł naukowy:

Zakład Biosyntezy Białek Instytutu Biochemii i Biofizyki PAN w Warszawie, Centrum Onkologii – Instytut im. Marii Skłodowskiej-Curie, Instytut Biologii Doświadczalnej im. Nenckiego PAN w Warszawie, University of California, Irvine, USA

Stanowisko:

Lider Grupy Obi

Obszary badawcze:

Biologia molekularna i komórkowa, genetyka, elektrofizjologia in vivo oraz in vitro

E-mail: afoik@ichf.edu.pl
Researcher's ORCID Id: 0000-0003-1110-9223

Ma wieloletnie doświadczenie w pracy naukowej w dziedzinie biologii molekularnej i komórkowej, genetyki, elektrofizjologii in vivo oraz in vitro na poziomie sieci neuronalnej i jednej komórki, analizie danych i programowaniu. Jego ścieżka pracy naukowej rozpoczęła się w Zakładzie Biosyntezy Białek w Instytucie Biochemii i Biofizyki Polskiej Akademii Nauk w Warszawie, gdzie obronił pracę magisterską. W tym czasie wykonywał również staż w Zakładzie Biologii Molekularnej w Centrum Onkologii Instytutu im. Marii Skłodowskiej-Curie w Warszawie. Tytuł doktora w dziedzinie neurofizjologii otrzymał w Laboratorium Neurobiologii Widzenia w Instytucie Biologii Doświadczalnej im. Marcelego Nenckiego Polskiej Akademii Nauk w Warszawie. Bezpośrednio przed objęciem pozycji lidera Zespołu Biologii Oka, w latach 2015 – 2020, dr Foik prowadził pracę naukową na stanowisku postdoka w Zakładzie Anatomii i Neurobiologii Uniwersytetu Kalifornijskiego w Irvine, USA.