mgr Patricio Espinoza Guevara

Tytuł naukowy:

Inżynier elektroniki, telekomunikacji i sieci, Politechnika w Chimborazo (ESPOCH), Ekwador; magister fotoniki na Politechnice Warszawskiej

Stanowisko:

Specjalista

Obszary badawcze:

Optyka fizyczna, widzenie dwufotonowe, promieniowanie terahercowe

Podczas pandemii zdalnie studiował na Universidad de la Rioja (UNIR) w Hiszpanii, uzyskując tytuł magistra technologii edukacyjnych i umiejętności cyfrowych. Następnie kontynuował naukę w Polsce, uzyskując tytuł magistra fotoniki na Politechnice Warszawskiej (PW). Patricio pracował również jako wykładowca techniczny na swojej macierzystej uczelni w Ekwadorze (ESPOCH) oraz uczył języka hiszpańskiego i angielskiego w Polsce podczas studiów magisterskich.

Jego hobby to fotografia, edycja filmów i zdjęć, czytanie książek, boks, MMA, taniec i harcerstwo.

Patricio dołączył do ICTER, zespołu Obrazowania Optycznego (POB) jako specjalista w październiku 2024 r., gdzie jest zaangażowany w projekt „Obserwacja cyklu wzrokowego in vivo przy użyciu fluorescencji ze wzbudzeniem dwufotonowym”.

dr Joanna Bem

Tytuł naukowy:

Doktor Nauk Biologicznych, Uniwersytet Warszawski

Stanowisko:

Postdoktorant

Obszary badawcze:

epigenetyka, regulacja transkrypcji i różnicowanie komórkowe

Researcher's ORCID Id: 0000-0001-8532-9363

Postdoktorant w Grupie Genomiki Obliczeniowej (CGG) kierowanej przez dr Marcina Tabakę i koordynowanej przez dr Lidię Wolińską-Nizioł. Od lipca 2024 r. Joanna jest zaangażowana w dwustronny projekt badawczy Weave-UNISONO finansowany przez NCN (Narodowe Centrum Nauki) we współpracy z SNSF (Swiss National Science Foundation). W ramach wspólnego projektu z prof. Alfredem Zippeliusem i dr Karen Dixon (Wydział Biomedycyny, Uniwersytet w Bazylei) zastosuje multimodalne mapowanie pojedynczych komórek w celu wyjaśnienia roli, jaką układ odpornościowy odgrywa w nowotworach.

Joanna ukończyła studia na Wydziale Biologii Uniwersytetu Warszawskiego w 2010 roku. Tam rozpoczęła się jej fascynacja epigenetyką i rozwojem. Stopień doktora uzyskała na Uniwersytecie Warszawskim w 2018 roku, była zaangażowana w projekt badający rolę miRNA w różnicowaniu komórek macierzystych. Podczas stażu podoktorskiego w Centrum Nowych Technologii Uniwersytetu Warszawskiego skupiła się w szczególności na regulacji transkrypcji i strukturze chromatyny 3D w terminalnym różnicowaniu neuronów. Później dołączyła do Międzynarodowego Instytutu Mechanizmów i Maszyn Molekularnych, gdzie zajmowała się badaniami nad pamięcią transkrypcyjną. Dr Joanna Bem jest autorką lub współautorką 6 prac oryginalnych, 2 publikacji przeglądowych oraz 2 patentów. W swojej karierze naukowej kierowała jednym projektem naukowym finansowanym przez NCN oraz kilkoma mikrograntami.

W wolnych chwilach lubi zajmować się ogrodnictwem i tworzyć ceramikę.

dr Kamil Krawczyński

Tytuł naukowy:

Magister Biologii, Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie, doktor Nauk Rolniczych Instytut Rozrodu Zwierząt i Badań Żywności PAN (2013 r.)

Stanowisko:

Specjalista badacz

Obszary badawcze:

niekodujące RNA, neuroonkologia, epigenetyka

Scopus Profile: 37037711800
Researcher's ORCID Id: 0000-0001-5336-7525

Podczas studiów magisterskich na kierunku biologia na Uniwersytecie Warmińsko-Mazurskim w Olsztynie, Kamil Krawczyński odbył staż w ramach wymiany akademickiej w programie Erasmus na Univerita degli studi di Trieste we Włoszech. Po ukończeniu studiów doktoranckich, swoją karierę naukową kontynuował podczas stażu podoktorskiego w Magee-Womans Research Institute and Foundation, Pittsburgh, USA. Po powrocie do kraju podjął pracę w Instytucie Medycyny Doświadczalnej i Klinicznej im. M. Mossakowskiego PAN.

Główne zainteresowania naukowe doktora Krawczyńskiego dotyczą niekodujących RNA, między innymi microRNA, których rolę i znaczenie w epigenetycznych oraz potranslacyjnych mechanizmach regulacji ekspresji genów badał wykorzystując szereg metod biologii molekularnej.

Jest autorem i współautorem 14 publikacji naukowych. W czasie swojej pracy naukowej kierował jednym projektem badawczym, a za swoje osiągnięcia został nagrodzony stypendium Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla wybitnych młodych naukowców.

W sierpniu 2024 r. dr Krawczyński dołączył do Grupy Genomiki Obliczeniowej (CGG) w ICTER jako specjalista badacz, gdzie jest zaangażowany w realizację projektu SONATA BIS 12 mającego na celu opracowanie metod multimodalnego profilowania w rozdzielczości pojedynczej komórki.

Zdjęcie dr Kamila Krawczyńskiego wykonał dr Karol Karnowski.

mgr Jan Klajnert

Tytuł naukowy:

Tytuł magistra Biotechnologii uzyskał na Uniwersytecie Medycznym w Łodzi w 2020 r.

Stanowisko:

Specjalista Techniczny

Dołączył do Zespołu Genomiki Obliczeniowej (CGG) w 2024 r. w roli specjalisty technicznego. Jan Klajnert wspiera zespół CGG w projekcie NDS i jest zaangażowany w badania nad ulepszeniem protokołu przetwarzania próbek osadzanych w parafinie (paraffin-embedded samples) i SHARE-seq. W nauce interesuje się poznawaniem nowych technik biologii molekularnej. Jan Klajnert planuje rozpocząć doktorat na temat analizy mikrobiomu pod kierunkiem dr Marcina Tabaki.

Praca magisterska Jana Klajnerta poświęcona była dynamicznej regulacji liczby amplikonów onkogenów w pierwotnych hodowlach in vitro komórek glejaka. Przez kolejne lata uczestniczył w komercyjnych projektach mających na celu innowacyjne podejście do izolacji bakterii z próbek zwierzęcych (ze szczególnym uwzględnieniem patogenów wodnych) oraz rozwój procesów diagnostycznych opartych na technikach biochemicznych i genetycznych. Przez 4 lata pracował w Proteon Pharmaceuticals.

Po pracy Jan lubi relaksować się grając w gry strategiczne, interesuje się również rozwijaniem swojej wiedzy z zakresu fizyki.

dr Aleksandra Kornacka-Stackonis

Tytuł naukowy:

Tytuł doktora Biologii (2021), Instytut Parazytologii im. Witolda Stefańskiego PAN.

Stanowisko:

Postdoktorant

A. Kornacka-Stackonis przez większość swojej kariery zawodowej pracowała w Instytucie Parazytologii Polskiej Akademii Nauk. Jej badania doktorskie koncentrowały się głównie na wykrywaniu pasożytów u dzikich zwierząt przy użyciu metod immunologicznych i molekularnych. Realizowała dwa projekty dla młodych naukowców finansowane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Jest członkiem Polskiego Towarzystwa Parazytologicznego od 2013 roku i autorką lub współautorką 19 artykułów z listy JCR, a także wielu abstraktów.

Od kwietnia 2024 r. dr Kornacka-Stackonis jest Postdoktorantem w grupie Genomiki Obliczeniowej ICTER w ramach grantu Sonata bis 12, gdzie pracuje nad przepływem pracy sekwencjonowania nowej generacji (NGS) do analizy pojedynczych komórek. Prywatnie Aleksandra interesuje się pieczeniem i bieganiem.

Prof. dr hab. Maciej Wojtkowski

Tytuł naukowy:

Profesor fizyki (2003), doktor habilitowany nauk fizycznych (2010) na Wydziale Fizyki i Astronomii Uniwersytetu Mikołaja Kopernika w Toruniu, Polska

Stanowisko:

Dyrektor ICTER i Lider Grupy POB

Obszary badawcze:

Biomedical Imaging

Prof. Maciej Wojtkowski, urodzony w 1975 roku, jest fizykiem z wybitną karierą w dziedzinie optyki stosowanej, fizyki medycznej i fizyki doświadczalnej. Swoją karierę naukową rozpoczął na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu, gdzie uzyskał tytuł magistra, doktora i doktora habilitowanego fizyki. W trakcie swojej kariery akademickiej prof. Wojtkowski pracował jako badacz na Uniwersytecie Wiedeńskim, a później w Massachusetts Institute of Technology (MIT) i Tufts New England Eye Center w Bostonie, USA. 

Prof. Wojtkowski jest pionierem SdOCT 

Prof. Wojtkowski jest jednym z pionierów w rozwoju metody spektralnej tomografii optycznej (SdOCT), znanej również jako metoda OCT w domenie Fouriera. Jest kluczowym wynalazcą pierwszego prototypowego klinicznego urządzenia SdOCT do obrazowania oka, które zrewolucjonizowało nieinwazyjną diagnostykę chorób oczu. Urządzenie to zostało opracowane na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Polsce, stając się standardowym narzędziem w klinikach okulistycznych na całym świecie.  

Prof. Wojtkowski, wspólnie z prof. Rainerem Leitgebem i prof. Johannesem De Boerem, odegrał kluczową rolę w rozwoju SdOCT. Jego główne osiągnięcia związane są z przełożeniem metody na praktykę okulistyczną. W 2000 roku prof. Wojtkowski jako pierwszy na świecie zbudował system laboratoryjny do obrazowania oka SdOCT na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika (UMK) w Toruniu. Wspólnie z prof. Leitgebem zademonstrowali pierwsze wyniki obrazowania siatkówki w 2002 roku, opublikowane w Journal of Biomedical Optics (JBO). Metoda opisana w tej publikacji stała się podstawą do projektowania urządzeń OCT. 

W 2003 r. prof. Wojtkowski dokonał znaczącego przełomu, demonstrując eksperymentalnie obrazowanie siatkówki SdOCT z czasem akwizycji 64 mikrosekund (~15 kHz), dostarczając pierwszych na świecie eksperymentalnych dowodów na to, że SdOCT umożliwia bezpieczne obrazowanie siatkówki in vivo ponad 50 razy szybciej niż standardowa OCT w dziedzinie czasu, przy porównywalnej czułości i oświetleniu próbki. Dzięki tej pracy otworzył wcześniej nieosiągalne możliwości trójwymiarowego obrazowania oka. 

W tym samym roku przeprowadził pionierskie eksperymenty demonstrujące obrazowanie siatkówki i rogówki w wysokiej rozdzielczości 3 mikronów przy użyciu światła supercontinuum generowanego w światłowodzie fotonicznym, a pierwsze przykłady obrazowania 3-D zostały opublikowane w American Journal of Ophthalmology w 2004 roku po odrzuceniu w Nature Medicine w 2003 roku. 

Podczas pracy w MIT (2003-2005) prof. Wojtkowski dalej rozwijał OCT, demonstrując wysokiej jakości trójwymiarowe obrazowanie ludzkiej siatkówki i rogówki, wprowadzając analizę morfometryczną siatkówki opartą na rastrowym protokole pomiarowym, który od tego czasu stał się złotym standardem w diagnostyce okulistycznej i jest stosowany we wszystkich obecnych urządzeniach klinicznych. Jego zespół w NCU wprowadził również zastosowanie SdOCT do obrazowania zaburzeń rogówki.

Prof. Wojtkowski opracował pierwsze trzy kliniczne urządzenia SdOCT do obrazowania okulistycznego, które zostały przetestowane w Tufts New England Eye Center, Boston USA, Szpitalu Jurasza w Bydgoszczy, Polska i UPMC w Pittsburghu, USA, umożliwiając walidację kliniczną i późniejszą komercjalizację metody SdOCT. Ponadto prof. Wojtkowski i jego zespół w NCU wnieśli znaczący wkład w angiografię OCT, obrazowanie dopplerowskie, redukcję kontrastu plamkowego oraz ilościowe metody analizy danych SdOCT. 

W 2019 r. jego zespół w ICTER – Międzynarodowym Centrum Badań Oka w Warszawie wprowadził metodę OCT przestrzenno-czasowego, rozszerzając funkcjonalność OCT o optoretinografię migotania i obrazowanie kompleksu naczyniówkowo-siatkówkowego w wysokiej rozdzielczości. 

Rozwój widzenia dwufotonowego i obrazowania dwufotonowego 

Prof. Wojtkowski wniósł również przełomowy wkład w zrozumienie widzenia dwufotonowego. W 2014 r. poprowadził badanie, które oświetliło zjawisko widzenia dwufotonowego, udowadniając rolę absorpcji dwufotonowej w izomeryzacji pigmentów siatkówki, które powodują wrażenia wzrokowe. W 2021 r. on i jego koledzy osiągnęli kolejny kamień milowy, prezentując pierwsze w historii obrazy ludzkiej siatkówki zmierzone za pomocą fluorescencji wzbudzonej dwoma fotonami in vivo. 

Przywództwo naukowe prof. Wojtkowskiego 

Od 2016 r. prof. Wojtkowski kieruje Zakładem Chemii Fizycznej Układów Biologicznych w Instytucie Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk (IChF PAN). W 2019 r. stworzył ICTER – Międzynarodowe Centrum Badań Oka, podjednostkę IChF PAN, realizując swoją wizję integracji fizyki i badań biomedycznych w celu poprawy zdrowia oczu. 

ICTER koncentruje się na najnowocześniejszych badaniach translacyjnych w nauce o wzroku, łącząc naukę podstawową z zastosowaniami klinicznymi. Pod kierownictwem prof. Wojtkowskiego ICTER osiągnął znaczące kamienie milowe, w tym zdobycie prestiżowego grantu Horizon Europe Teaming for Excellence w 2024 roku. Jest również dwukrotnym laureatem grantu Fundacji na rzecz Nauki Polskiej w ramach Programu Międzynarodowych Agend Badawczych (MAB), który podkreśla rolę ICTER jako światowego lidera w dziedzinie badań i innowacji okulistycznych. 

Publikacje, patenty i komercjalizacja 

Prof. Wojtkowski ma na swoim koncie ponad 240 publikacji naukowych i liczne patenty, a jego prace są regularnie publikowane w wiodących czasopismach. Jego badania przyniosły mu ponad 8000 cytowań i szerokie uznanie, w tym stypendia w prestiżowych stowarzyszeniach, takich jak Optical Society of America. Oprócz osiągnięć akademickich i badawczych, duch przedsiębiorczości prof. Wojtkowskiego znajduje odzwierciedlenie w jego roli jako założyciela i byłego dyrektora generalnego biomedycznej firmy typu spin-out AM2M, a obecnie współzałożyciela In Cell Vu. Jego wkład w naukę, od pionierskiej technologii OCT po przywództwo w ICTER, nadal kształtuje przyszłość obrazowania medycznego i badań translacyjnych. 

mgr inż. Bartłomiej Bałamut

Tytuł naukowy:

Master of Science in Biotechnology, Warsaw University of Technology, Poland

Stanowisko:

Doktorant

Obszary badawcze:

Biologia molekularna i genetyka

Opis

Doktorant, zaangażowany w projekcie Sonata Bis 9 (Andrzej Foik), jego głównym zadaniem są badania przy użyciu rejestracji elektrofizjologicznych in vitro. Zajmuje się również doświadczeniami z zakresu biologii molekularnej i genetyki.

dr Mehdi Borjkhani

Tytuł naukowy:

Inżynier biomedyczny, ukończył Uniwersytet w Teheranie, Iranie

Stanowisko:

Post-doc

Obszary badawcze:

Sieci Neuronalne

Opis

Jego praca doświadczalna polega na modelowaniu sieci neuronalnych złożonych z wielu różnych populacji neuronalnych i analizie danych.