Prof. dr hab. Maciej Wojtkowski jest fizykiem specjalizującym się w optyce stosowanej, a także fizyce medycznej i eksperymentalnej.
Głównym przedmiotem jego badań jest rozwój nowych technik obrazowania in vivo, tomografii optycznej OCT i interferometrii nisko koherentnej stosowanych w obrazowaniu biomedycznym. Ma znaczący wpływ na rozwój techniki Fourier domain OCT (FdOCT).
Od 2016 r. prof. Wojtkowski kieruje Zakładem Fizyki Chemicznej Układów Biologicznych w Instytucie Chemii Fizycznej Polskiej Akademii Nauk, Grupa POB. Jest założycielem ICTER i jego kierownikiem od 2019 roku.