MINIATURA 6 / NCN
Tytuł projektu: Mapowanie dynamiki epigenomicznych i transkryptomicznych podstaw różnicowania komórkowego u pacjentów ze zdiagnozowanym rakiem spojówki poprzez zastosowanie technologii SHARE-seq.
Celem projektu jest przeprowadzenie wstępnych badań w zakresie analizy transkryptomu i epigenomu na poziomie pojedynczych komórek w grupie pacjentów, u których zdiagnozowano chłoniaka MALT spojówki. Projekt przewiduje badanie dynamiki epigenomowych i transkryptomowych podstaw różnicowania komórkowego poprzez zastosowanie technologii SHARE-seq, łączącej technologie scRNA-seq i scATAC-seq, która pozwoli na pomiar dostępności chromatyny i ekspresji genów na poziomie pojedynczych komórek. Proponowana metodologia badań SHARE-seq pozwoli na określenie pełnej różnorodności typów komórek i ich stanów, elementów regulacyjnych, które je definiują oraz wpływu wspólnych wariantów genetycznych na procesy molekularne w zdefiniowanych w badaniu typach komórek. Jest to wysoce skalowalne podejście do pomiaru dostępności chromatyny i ekspresji genów w tej samej komórce, pokazujące, że zmiana dostępności chromatyny dla czynników transkrypcyjnych wpływa na ekspresję określonych genów. Uzyskane wyniki pozwolą na wstępne zrozumienie złożonego ekosystemu komórek nowotworowych i immunologicznych w guzie spojówki i będą podstawą do wskazania ich rozwoju wzdłuż ścieżek związanych z określonymi aberracjami genomowymi.
Całkowite dofinansowanie projektu wynosi 49 959 zł.
